sbt test のときだけシステムプロパティ foo.bar=baz を追加したい場合、
build.sbt に以下のように書くとよい。

fork in Test := true
javaOptions in Test += "-Dfoo.bar=baz"

javaOptions in Test += "-Dconfig.resource=test.conf" とかして、sbt test のときだけ使う conf ファイルを変えたりするのによく使われる。
fork in Test := true がミソであり、これがないと効かない。
参考: Scala - Use Multiple Configs in Sbt Project - Qiita

Play Framework を使っている場合はデフォルトで fork in Test := true になっているので書かなくてもいい。
Fork and parallel execution in test | Sbt Cookbook - 2.8.x