こういう意味

以下は同じ意味。

libraryDependencies += "org.scala-tools" % "scala-stm_2.11.1" % "0.3"

libraryDependencies += "org.scala-tools" %% "scala-stm" % "0.3"

%% にすると、_2.11.1 とかのバイナリバージョン番号が自動でつく。

参考: sbt Reference Manual — ライブラリ依存性 - %% を使って正しい Scala バージョンを入手する